Ngày 15/8/2008, trong trận ra quân gặp Hamburger SV (2-2), phút thứ 80, huấn luyện viên Bayern Jürgen Klinsmann đã đưa một cầu thủ vào sân thay cho Miroslav Klose - chàng trai ấy tên là Thomas Mueller.
Và phải đợi đến nửa năm sau, người hâm mộ mới thấy anh ra sân lần thứ hai trong màu áo Bayern, đó là trận gặp Sporting Lisbon ngày 10/3/2009 vòng 1/8 Champions League.
Trong trận đấu này, anh đã có bàn thắng đầu tiên cho Bayern ở đội 1 sau khi đã thi đấu 32 trận cho Bayern 2 ở giải hạng 3 Đức ghi được 15 bàn.
[Thomas Mueller lên tiếng trước thông tin chia tay Bayern Munich]
Từ cậu bé 11 tuổi đến FC Bayern từ Weilheim ngày nào, Thomas Mueller giờ đây đã trở nên quen thuộc với người hâm mộ Bayern hơn bất cứ ai.
Cũng kể từ đó đến nay, Thomas Mueller đã thi đấu 499 trận cho FC Bayern của chúng ta, ghi 187 bàn thắng và có 134 kiến tạo (327 trận Bundesliga, 107 trận Champions League, 52 trận DFB Pokal, 9 trận Super Cup, 2 trận sơ loại Champions League, 1 trận Club World Cup và 1 trận UEFA Super Cup).
Mueller cũng đã giành được thành tích ấn tượng, gồm 8 lần vô địch Đức, 5 lần DFB Pokal, 1 lần chiến thắng Champions League. Ngoài ra, anh còn là gương mặt, là thương hiệu của Bayern với câu nói bất hủ "Mia san mia."
Nếu homas Mueller hôm nay được ra sân, hiện thân của FC Bayern Munich sẽ có trận thứ 500 cho Bayern!