Trong những năm vừa qua, Việt Nam đã dành nhiều nguồn lực thực hiện công tác quản lý, bảo vệ và bảo tồn các loài sinh vật.
Tuy vậy hiệu quả của công tác này vẫn còn nhiều hạn chế, nhất là đối với các loài đặc hữu và các loài nguy cấp, quý, hiếm.
Một trong những nguyên nhân dẫn đến những hạn chế của công tác quản lý, bảo vệ và bảo tồn các loài sinh vật là do hệ thống văn bản về quản lý, bảo vệ loài còn thiếu thống nhất, chưa mang tính hệ thống và bao quát hết các hệ sinh vật tạo nên tính đa dạng sinh học của Việt Nam.
Hệ thống văn bản này đang làm cho công tác quản lý, bảo vệ và bảo tồn của Việt Nam phải đối mặt với các thách thức nghiêm trọng, về cả phương diện quan điểm, chính sách và các danh mục loài được quản lý, bảo vệ.
Năm 2008, Việt Nam đã ban hành Luật Đa dạng sinh học. Đây là văn bản pháp lý cao nhất điều chính toàn diện hoạt động bảo tồn đa dạng sinh học nói chung, quản lý và bảo vệ các loài nói riêng. Việc ra đời của Luật này tạo ra một cơ hội quý báu để Việt Nam hệ thống hóa lại công tác quản lý, bảo vệ loài, trong đó gắn bảo tồn đa dạng sinh học với phát triển, khai thác hợp lý nguồn tài nguyên quan trọng này phục vụ phát triển đất nước.
Nhưng trong những năm qua, danh mục các loài sinh vật nguy cấp, quý hiếm ban hành kèm theo các văn bản quy phạm pháp luật đều không xây dựng một bộ tiêu chí xác định loài cụ thể, rõ ràng dể đưa loài đó vào danh mục.
Điều này dẫn tới các danh mục còn phụ thuộc vào ý chí chủ quan của cơ quan ban hành. Hơn nữa, việc lập và thẩm định loài để đưa vào danh mục còn tiếp cận đơn ngành, thiếu trình tự, thủ tục rõ ràng để các tổ chức, cá nhân thực hiện đề tài, dự án điều tra, nghiên cứu về loài sinh vật của Việt Nam có thể tham gia đề xuất đưa loài vào danh mục các loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ.
Mặc dù danh mục loài nguy cấp, quý, hiếm đã và đang được quy định ở nhiều văn bản pháp luật, nhưng vẫn còn chưa thống nhất, chồng chéo. Điều này cũng dẫn tới việc thực thi công tác quản lý các đối tượng này gặp nhiều khó khăn và trở ngại. Cộng với chế độ quản lý đối với nhóm loài nguy cấp, quý hiếm cho đến nay vẫn còn chưa được quy định bao quát, đầy đủ.
Một số văn bản quy phạm pháp luật về chế độ quản lý loài mới chỉ dừng lại ở việc liệt kê danh mục loài được bảo tồn, quy định về chế độ khai thác, mua bán, vận chuyển loài, nhưng chưa dựa trên các nhu cầu bảo tồn đa dạng sinh học. Như đảm bảo môi trường sống cho của loài, hạn chế tác động ảnh hưởng tiêu cực, bảo đảm đường di chuyển, nguồn thức ăn, nơi sinh sản…
Đó chính là những nguyên nhân làm cho các loài hoang dã nguy cấp, quý, hiếm ngày càng suy giảm; nhiều giống cây trồng, vật nuôi bị suy giảm nguồn gen, bị đe dọa tuyệt chủng. Việc thiếu các quy định về chế độ quản lý, bảo vệ cụ thể đã và đang dẫn đến những khó khăn trong việc kiểm soát nguồn gốc loài nuôi nhốt. Đặc biệt là việc giải quyết các vấn đề liên quan đến nuôi nhốt hổ, gấu ở Việt Nam trong những năm qua.
Vì vậy, theo Nghị định số 160/2013 ngày 12/11/2013 của Chính phủ, tiêu chí xác định loài và chế độ quản lý loài thuộc Danh mục loài nguy cấp, quý, hiếm được ưu tiên bảo vệ, quy định loài thuộc Danh mục loài được ưu tiên bảo vệ phải là loài đặc hữu hoặc có một trong các giá trị đặc biệt về khoa học, y tế, kinh tế, sinh thái, cảnh quan, môi trường, văn hóa - lịch sử và có số lượng cá thể còn ít, hoặc đang bị đe dọa tuyệt chủng theo quy định của pháp luật.
Trong đó, loài có số lượng cá thể còn ít hoặc đang bị đe dọa tuyệt chủng được xác định như sau, đối với động vật hoang dã, thực vật hoang dã, phải có một trong các điều kiện như suy giảm quần thể ít nhất 50% theo quan sát hoặc ước tính trong 10 năm gần nhất hoặc ba thế hệ cuối tính đến thời điểm đánh giá; nơi cư trú hoặc phân bổ ước tính dưới 500km2 và quần thể bị chia cắt nghiêm trọng hoặc suy giảm liên tục về khu vực phân bố, nơi cư trú; quần thể loài ước tính có dưới 250 cá thể trưởng thành... Đối với giống cây trồng, phải có hệ số đa dạng nguồn gen của giống thấp hơn 0,25 hoặc tỷ lệ hộ trồng dưới 10% tổng số hộ trồng tại nơi xuất xứ...
Cũng theo Nghị định 160, việc nuôi, trồng loài thuộc Danh mục loài được ưu tiên bảo vệ nêu trên phải đáp ứng các điều kiện như loài phải có nguồn gốc hợp pháp và thuộc Danh mục loài đã đăng ký nuôi, trồng khi thành lập cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học hoặc được cơ quan có thẩm quyền cấp phép theo quy định của pháp luật; việc nuôi, trồng phải phục vụ mục đích bảo tồn đa dạng sinh học, nghiên cứu khoa học và tạo giống ban đầu được thực hiện tại cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học theo quy định của pháp luật.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1/1/2014, là cơ sở pháp lý thống nhất đối với công tác bảo tồn, phát triển và sử dụng bền vững tài nguyên đa dạng sinh học; đồng thời sẽ thực hiện đầy đủ các cam kết quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Việt Nam là quốc gia đứng thứ 19 trên thế giới về số loài hoang dã bị đe dọa. Theo Sách Đỏ Việt Nam năm 2007, tổng số các loài động vật, thực vật hoang dã đang bị đe dọa của Việt Nam là 882 loài (418 loài động vật và 464 loài thực vật), tăng 161 loài so với thời điểm năm 1992.
Trong đó một số loài coi như đã tuyệt chủng ngoài tự nhiên như tê giác hai sừng, tê giác một sừng, bò xám, heo vòi, cầy rái cá, cá lợ thân thấp, hươu sao, cá sấu hoa cà, hai loài lan hài.
Một số giống vật nuôi bản địa đang bị đe dọa tuyệt chúng cao như lợn ỉ gộc, lợn ba xuyên, gà hồ… Trên thực tế, số loài bị đe dọa tuyệt chủng có thể còn lớn hơn do danh sách loài được đánh giá mới chỉ là các loài có đủ nguồn thông tin cung cấp. /.