Qua khảo sát lần đầu tiên từ năm 1987 với nghiên cứu liên ngành bằng tàu trên sông tại di tích Bạch Đằng (Quảng Ninh), đến nay Viện Khảo cổ học đã có phòng chuyên môn riêng, đánh dấu bước khởi đầu tích cực để tiếp thu kiến thức, phương pháp hiện đại vào nghiên cứu khảo cổ học dưới nước.
Viện trưởng Viện Khảo cổ học Tống Trung Tín cho biết việc ra đời của phòng nghiên cứu khảo cổ học dưới nước là dấu mốc quan trọng đối với ngành khoa học này. Vì đây là cơ sở để Việt Nam tiếp tục nghiên cứu, đào tạo đội ngũ các nhà chuyên môn, làm sáng tỏ kho tàng vô giá đang ẩn sâu dưới lòng sông, biển.
Giai đoạn đầu, phòng sẽ tập trung khảo sát, khai quật ứng cứu và lập hồ sơ các di chỉ khảo cổ học dưới nước ở Việt Nam; nghiên cứu các di tích và di vật của các di chỉ khảo cổ học dưới nước và các tư liệu có liên quan nhằm tăng cường hiểu biết về lịch sử hàng hải, lịch sử trao đổi văn hóa và thương mại trên vùng biển Việt Nam; xuất bản các bài viết về khảo cổ học dưới nước.
Năm 2014, Phòng khảo cổ học dưới nước sẽ tiếp tục kết hợp với các chuyên gia nước ngoài khảo sát, khai quật tại ba điểm là bến cảng Vân Đồn, bãi cọc Bạch Đằng - Quảng Ninh và cảng Thị Nại (Bình Định). Đây là những cơ hội để vừa làm vừa học hỏi kinh nghiệm do Việt Nam chưa có trang thiết bị và kỹ thuật; tạo cơ sở cho các hoạt động hợp tác trong nước và quốc tế, trong các chương trình nghiên cứu, đào tạo, xây dựng năng lực cho ngành khảo cổ học dưới nước của Việt Nam.
Viện Khảo cổ học đã ứng dụng phương pháp khảo sát di tích bằng các phương pháp không tác động như khảo sát bằng máy đo từ kế, máy quét cạnh Sidescan sona, khoan mẫu nghiên cứu địa mạo và dòng chảy cổ, môi trường cổ, phỏng vấn nhân dân.
Từ năm 2008 đến nay, Viện Khảo cổ học cùng các chuyên gia khảo cổ các nước Nhật Bản, Australia, Mỹ và Ban quản lý các di tích trọng điểm tỉnh Quảng Ninh phối hợp nghiên cứu, khảo sát khảo cổ học trên mặt đất và mặt nước tại Khu di tích lịch sử chiến thắng Bạch Đằng và Khu di tích thương cảng Vân Đồn.
Khảo sát Bạch Đằng, các nhà khảo cổ ghi lại sự xuất lộ của các cọc gỗ, các di vật ở Đồng Má Ngựa, đưa ra giả thiết về hệ thống phòng thủ của Trần Hưng Đạo./.