Đề án phát triển nuôi trồng thủy sản trên biển đến năm 2045 đề ra mục tiêu công nghiệp nuôi biển có đóng góp trên 25% tổng sản lượng và giá trị xuất khẩu đạt trên 4 tỷ USD.
Năm 2022, tỉnh đặt mục tiêu nuôi 3.890 cá lồng bè với sản lượng 3.535 tấn; nuôi nhuyễn thể 23.950ha, sản lượng 74.465 tấn các loại hến biển, sò huyết, vẹm xanh, nghêu lụa; nuôi ngọc trai 100ha....
Ngành thủy sản tỉnh Ninh Thuận phấn đấu sản lượng nuôi trồng thủy sản thương phẩm đạt 9.500 tấn và sản xuất giống thủy sản đạt 41,35 tỷ con trong năm 2022.
Cùng với phát triển nghề nuôi hàu, nghề nuôi tôm hùm và cá biển đang mang lại hiệu quả kinh tế cao, góp phần khai thác tiềm năng mặt nước ven biển của các huyện ở tỉnh Ninh Thuận.
Từ năm 2019, Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển nuôi biển Nha Trang, thuộc Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản III (trụ sở tại thành phố Nha Trang) đã làm chủ công nghệ sản xuất giống cá mú trân châu.
