Tỉnh Phú Yên đang tập trung cơ cấu lại nghề nuôi trồng thủy sản theo hướng bền vững, nâng cao năng suất và chất lượng sản phẩm phù hợp với nhu cầu thị trường. Theo đó, tỉnh Phú Yên đề ra mục tiêu từ nay đến năm 2020 nghề nuôi trồng thủy sản tăng trưởng bình quân hàng năm 6,5%; trong đó, chú trọng đầu tư tập trung nuôi các loài thủy sản có giá trị kinh tế như: tôm thẻ chân trắng trên địa bàn huyện Đông Hòa; nuôi tôm sú trên địa bàn huyện Tuy An và thị xã Sông Cầu; nuôi tôm hùm, cá biển ở thị xã Sông Cầu và huyện Tuy An.
Bên cạnh đó, tỉnh Phú Yên chủ trương ổn định diện tích nuôi nước lợ lên 3.200 hecta; trong đó, 2.500 hecta nuôi tôm với các vùng nuôi tập trung sản xuất theo hướng VietGAP. Đến năm 2020, sản lượng thủy sản nước lợ đạt 13.500 tấn, tăng 3.500 tấn so với năm 2016. Diện tích mặt nước biển rộng 1.650 hecta sẽ đưa vào nuôi khoảng 31 nghìn lồng nuôi thủy sản, trong đó 27.000 lồng nuôi tôm hùm với sản lượng tôm hùm thương phẩm hàng năm đạt từ 650 tấn đến 700 tấn.
Để nghề nuôi trồng thủy sản bền vững, tỉnh Phú Yên đã chú trọng nâng cao năng lực chọn tạo và quản lý giống, bảo đảm 90% nhu cầu giống các đối tượng nuôi thủy sản sạch bệnh. Phát triển các vùng nuôi thủy sản thâm canh ứng dụng công nghệ cao, nuôi tiết kiệm nước, nuôi an toàn sinh học, bảo vệ môi trường sinh thái; tập trung phát triển các công trình hạ tầng đầu mối phục vụ vùng nuôi trồng tập trung, dịch vụ thú y thủy sản, giám sát môi trường nuôi. Phát triển các mô hình nuôi liên kết với doanh nghiệp; phát triển hệ thống tư thương, thu mua, kết nối với các nhà máy chế biến, các chợ, siêu thị trong và ngoài tỉnh để tiêu thụ sản phẩm.
Theo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Phú Yên, năm 2016 giá trị sản phẩm thu được trên đơn vị một hecta mặt nước nuôi trồng thủy sản đạt 704 triệu đồng, tăng 10% so với năm 2015./.